Dua tahun telah berlalu setelah invasi Tendoshuu ke Terminal Pusat O-Edo. Sejak itu, Yorozuya berpisah. Meramalkan kembalinya Utsuro, Gintoki Sakata mulai mengamati garis-garis halus Bumi untuk mencari jejak Altana orang lain. Setelah bertemu dengan sisa-sisa Tendoshuu—yang terus mencari keabadian—Gintoki kembali ke Edo.
Kemudian, Shinsengumi dan Yorozuya yang berkumpul kembali memulai serangan terhadap Terminal Pusat yang diduduki. Saat Altana tertimbun puing-puing kapal Tendoshuu yang terancam meledak, Yorozuya dan sekutunya melawan musuh-musuhnya sementara keselamatan Edo—dan seluruh dunia—digantung dalam keseimbangan. Memenuhi keinginan guru mereka, mantan siswa Shouyou Yoshida bersatu dan menghidupkan kembali masa lalu mereka untuk terakhir kalinya dalam upaya menyelamatkan masa depan mereka.
